История Decyfer Down началась с небольшой группы Allysonhymn, в которой играли гитарист Брэндон Миллс и ударник Джош Оливер. Начав с акустических песен, друзья вскоре взяли направление на тяжелый рок. После того, как состав пополнили басист Калеб (брат Джоша) и гитарист Крис Клонт, группа начала стремительно расти и достигла того признания, чтобы выступать рядом с Puddle of Mudd, Breaking Benjamin, Crossfade and Adema. Новый уровень требовал нового имени. "Я открыл словарь и увидел там слово decipher", - говорит Клонтс - "Вот так и появилось название Decyfer Down".
Альбом End of Grey вышел 6 июня 2006 года и стал кульминацией этого подъема. Четыре песни ("Fight Like This," "Burn Back the Sun," "No Longer" and "Life Again") стали хитами и достигли первых мест в христианских чартах.
В июле 2008 года новая сингл Crash покорил христианские чарты Америки. После этого Decyfer Down выпустили Crash EP с еще тремя новыми песнями.
Второй альбом "Crash" вышел 5 мая 2009 года. После его выхода Decyfer Down отправились в Comatose-Tour с группами Skillet и Disciple. В конце года получила подарок - первую номинацию на Грэмми в номинации "Лучший Евангельский рок-альбом"